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辅助材料供车间使用应计入的科目和是否计入制造费用，取决于具体情况和会计政策，辅助材料的使用和费用可以计入以下科目：
1、原材料科目：辅助材料作为生产过程中的消耗材料，可以计入原材料科目，在会计分录中，采购辅助材料的支出可以记录在借方，现金或银行存款等科目记录在贷方。
2、制造费用科目：辅助材料在车间使用过程中，其费用可以计入制造费用科目，制造费用包括与生产有关的各项间接费用，如车间管理人员的工资、设备折旧费、辅助材料的消耗等。
具体会计处理需要依据企业的会计政策和实际情况进行，如果企业有特定的会计政策或内部规定，应按照相关规定进行处理，如果不确定如何处理，建议咨询专业的会计师或财务顾问，以确保准确记录和处理相关账目。